Для управления демоном ntpd используются стандартные команды:
/etc/init.d/ntp start
/etc/init.d/ntp restart
/etc/init.d/ntp stop
Проверьте параметры запуска демона – в конфигурационном файле /etc/default/ntp – рекомендуем установить параметр NTPD_OPTS='-g', позволяющий выполнять синхронизацию даже при большой разнице во времени.